非法占用基本农田建房由谁管辖，两法院裁定意见相左，这让基层自然资源部门和农业农村部门咋办？造成这种局面，是法律本身概念模糊，还是基层法院适用法律出了偏差？原告万长保诉被告龙华农业农村局及第三人张某桂、张建军不履行法定职责一案，本院于2020年9月9日立案后，依法组成合议庭,于2020年11月10日公开开庭进行了审理。原告万长保的委托代理人周开文，被告龙华农业农村局的委托代理人于某生、赵某花，第三人张某桂、张某华及其共同委托代理人谢某平到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告万长保诉称：2002年1月12日，原告与第三人签订了《屋基转让协议》，第三人在没有办理乡村建设规划许可证及国有土地使用权证的情形下，于2018年进行非法建设，在建设过程中，除占用转让范围内的国有征收土地，还超占了部分原告的基本农田。龙华自然资源局因原告的举报对第三人多次送达责令停止违法行为通知书，第三人不予停止。依据龙华委机构编制委员会龙华委（2020）1号文件规定，原告于2020年6月29日向被告邮寄了“要求查处非法占用基本农田的申请书”，被告收到申请后一直未对原告做出答复，第三人仍然在违法建房。特诉至法院，请求依法判令被告对第三人违法建房履行法定职责，并要求拆除第三人占用原告基本农田违法建筑物的申请予以答复；由被告承担本案的诉讼费。
经审理查明，2002年1月12日，原告万长保与第三人张某桂签订了《屋基转让协议》，约定将万长保申请用地的六间门面中的三间及向后延伸2.6米的空余地转让给张某桂，转让价格3.8万元，万长保已收取3万元。双方在缔约时，均已明确涉案土地将转为建设用地，由政府对其土地使用权进行出让，每间门面（约宽4米、进深10米）的出让价格为本组村民5000元、外组村民6000元，相关用地人员申报后交纳相关费用，经过审批即可获得土地使用权。后在履行过程中，双方发生纠纷，第三人一直未能在争议地上建房。2018年，第三人再次开始修建房屋，在建设过程中，原告以转让地使用范围有争议、第三人未取建设手续擅自建房为由，多次向龙华自然资源局举报请求查处。2020年6月29日，原告又向被告龙华农业农村局提出要求查处第三人非法占用基本农田的申请。被告收到申请后一直未予答复，原告遂诉至法院。
另查明，2020年3月15日，龙华委机构编制委员会下发了龙华委（2020）1号《关于调整自然资源局等部门有关农村宅基地和农村住房建设管理职责的通知》，文件规定根据2019年新修订的《中华人民共和国土地管理法》和《农业农村部自然资源部关于规范农村宅基地审批管理的通知》《湖南省农村住房建设管理办法》等法律法规规定，就农村宅基地和农村住房建设的管理职责进行了调整，农业农村局负责农村住房建设的宅基地的改革和监督管理服务等工作。
本院认为，依照《中华人民共和国行政诉讼法》第二条的规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为或者不作为行为侵犯其合法权益，有权依法向人民法院提起诉讼。本案万长保起诉的是龙华农业农村局，诉讼请求是要求龙华农业农村局履行查处非法占用基本农田的法定职责。经审查，《中华人民共和国土地管理法》第六十二条第一款和第七款规定，“农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。”“国务院农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。”《农业农村部自然资源部关于规范农村宅基地审批管理的通知》《湖南省农村住房建设管理办法》等相关法律、法规、规章以及上级和本级的规范性文件，没有明确查处非法占用基本农田系龙华农业农村局的法定职责，该职责明显不属于龙华农业农村局权限范围，而且第三人张某桂、张建军在建房屋的争议土地明显不属于宅基地。原告要求被告履行查处非法占用基本农田建房的法定职责的请求，本院不予支持。
综上，依照《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第九十三条第二款之规定，裁定如下：驳回原告万长保的起诉。已预交的案件受理费50元，退回原告万长保。如不服本裁定，可以在裁定书送达之日起十日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于湖南省怀化市中级人民法院。 深圳龙华土地咨询律师事务所